הרב שימש כר"מ בישיבת "בית שמואל" בחדרה. בשנות ה-80 נבחר לשמש כראש לשכתו של הראשון לציון והרב הראשי לישראל הרב מרדכי אליהו זצ"ל, ובתפקיד זה כיהן עד פטירתו של הרב אליהו. בשנת ה'תשנ"ה בהוראתו של הרב אליהו החלו הרב זעפרני וד"ר יעקב הדני בהקמת ישיבת המאירי, המשלבת לימודים, שירות צבאי במסגרת ההסדר ולימודים לתואר אקדמי. הוא עמד בראשות הישיבה עד לפני כשנה וחצי, אז הודיע על פרישתו בעקבות ההתמודדות עם המחלה.

הרב היה נשוי למירה ולהם חמישה בנים, התגוררו בירושלים.

הלוויה תצא בשעה 12:00 מהר המנוחות מבית ההספד קהילת ירושלים.